아직 안 풀어봤지만, 하나의 파일에 여러 데이터가 들어가 있는 거라 한두 개의 파일로도 충분할 수 있지 않을까요. 파일이 1개라면 50%나 100%에서 틀렸다는 메시지를 보게 되는 것이 맞고요.

음..그런가요 

퍼센트는 말씀하신 것처럼 아무 의미가 없기 때문에, 실제로 통과되면 안 되는 코드가 통과되는게 발견됐을 때 해당 코드의 반례만 추가해주면 됩니다.
테스트 케이스가 딱 1개밖에 없어도 그 테스트케이스가 정답 코드 외의 모든 코드를 통과시키지 않는다면 굳이 테스트 케이스를 더 추가할 필요는 없어요.
간단히 예를 들어, Hello, World! 출력하는 문제의 경우 테케 하나만 있어도 상관없겠죠. 테스트 케이스가 정답 코드가 아닌 코드를 통과시키지 않는다면 개수에 상관없이 충분히 강력한 겁니다.