"이 임시파일이나 원래의 파일을 계속 두 개씩 합쳐서 소설의 여러 장들이 연속이 되도록 파일을 합쳐나가고, 최종적으로는 하나의 파일로 합친다."

이라고 되어있으니, 연속인 파일만 합칠 수 있음이 명시되어 있습니다.

하지만 오해의 소지가 다분히 있는 것 같은데 이 점은 다시 한번 언급해야 하지 않을까요?

너무 지나가기 쉬운 문장인데...