문제의 입력 방식은 한줄로 한번에 입력이 되는데 

제꺼는 번호를 하나씩 받아서 생기는 문제 였네요 ^^

// StringTokenizer를 사용해서 하나씩 꺼내오게 수정
try(BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.<i>in</i>))) {
    StringTokenizer st = new StringTokenizer(br.readLine());
    int[] nums = new int[3];

    for (int i = 0; i < 3; i++) {
        nums[i] = Integer.parseInt(st.nextToken());
    }