보통 y 가 행을 의미하고 x 가 열을 의미하지 않나요?

예제1은 대칭데이터니 상관없지만

예제 2
1 2
3 4
데이터에서 

네 개의 정수  1 2 1 2 는 2행 1열이니 3이 맞지 않나요?

의도된것이 아니라면 입력순을  (y1,x1) (y2,x2) 라고 표현하는게 맞지 않나 싶습니다.