음.. loop 제어가 좀 복잡하네요.
아래처럼 구조화를 깔끔하게 하는 것이 어떨까 합니다.
특히 for loop 변수 i를 29라인에서 i++ 했는데, temp[i]=who[0].arr[i] 를 loop 시작하자 마자 초기화 하고, 29라인에서는 i++ 대신에 그냥 break시키는 것이 좋겠습니다.

int T, N;
char arr[60][60];
int main(void)
{
 scanf("%d", &T);
 for (int t = 0; t<T; t++)
  scanf("%s", arr[t]);
 N = strlen(arr[0]);
 for (int n = 0; n < N; n++) {
  for (int t = 1; t < T; t++) {
   if (arr[0][n] != arr[t][n]) {
    arr[0][n] = '?';
    break;
   }
  }
 }
 printf("%s\n", arr[0]);
 return 0;
}

감사합니다!!!