1. 일단 배열 크기가 잘못되었네요. 글자는 최대 100개 까지 주어질 수 있는데 str[3][105]라고 선언되서 시간초과가 해결되도 런타임 오류가 날 것 같습니다.

차라리 for문 초기에 str[105] = {0, }; 으로 만들어주시는게 나을 것 같구요.

2. 이미 나왔던 알파벳이 다시 나올 때 check =1을 해주시는 데 break;도 같이 넣어주셔서 바로 다음 케이스로 넘어가시는게 좋을 것 같습니다.

3. 결정적으로 최악의 경우에도 사이즈가 100/100인 2중 for문이라 시간초과가 나면 안되는데 난다는 것은 while문 조건을 검토해보실 필요가 있어보입니다. cstring 헤더의 strlen()함수를 써서 for문을 만드시면 실수를 줄이실 수 있을 것 같네요.